Aceasta este cea de-a doua versiune a crocodililor-100 de rasă captivă - 100 au fost eliberați la începutul anului 2016 din aceeași unitate. Noua lor casă este o regiune a mlaștină pusă deoparte ca un refugiu de viață sălbatică, unde, critic, nu există crocodili americani care să fie găsiți. Cele două mari amenințări la adresa crocodilului cubanez sunt vânătoarea și hibridizarea cu verii lor americani. În timp ce crocodilii americani preferă apa sărată și apa dulce a Cubanezilor, dezvoltarea și înrăutățirea habitatului îi forțează pe cele două specii să interacționeze și să hibridizeze. Prea multă hibridizare și crocodilul cubanez ar înceta să mai existe ca specie independentă.
Populația de reproducere captivă din Cuba nu are câțiva indivizi hibrizi, însă o populație genetică pură la Zoo Bronx din New York oferă grupurilor de conservare un plan de rezervă, dacă genele lor ar fi necesare.